起源
人间界中，祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身殒，其间共工怒触不周山，天柱断，顿时天塌地陷，天火从天而降，天河倒灌，女娲补天，所用的五彩石碎片落于洪荒之中。巫族剩余十祖巫。
东皇十子犯过天条，十日齐出游历太古洪荒大地，生灵涂炭。随后由于东皇责罚过轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。
大巫夸父被杀后，大巫大羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。
大羿射杀九只金乌后，又被众多妖神杀死。双方矛盾日益激化。东皇第十子取夸父、大羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。[1]
大战经过
巫族有剩余十祖巫，以及大量太古洪荒大巫，一同杀上太古洪荒天庭。
妖族有东皇太一，以及众多太古洪荒妖神，凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
女娲由于身为圣人，不可逆了天数，故未cha手妖巫之争。
其中，帝江遭仙道围攻而殒。巫族剩余九大祖巫。
经此一战，其余祖巫陨尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附玄门，巫妖两族由此势弱。大战过后，巫妖两族彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台。人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。[1]
修改版本
妖族有东皇太一、帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神，凭借周天星斗大阵守护天庭。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神煞大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出接近于天道圣人rou身出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟，帝俊执掌屠巫剑，巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落，人教大兴。
大战结局
各教兴起
巫妖大战后人族大兴，各个天道圣人遂开派立教。太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教兴起。三清继承盘古大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为佛母菩提祖师。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭。
巫妖大战后，东皇太一陨落，天庭无主，三清推举鸿钧身边童子为天庭玉帝、童女为天庭王母。[1]
涿鹿之战
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族，仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子，广成子助轩辕对抗蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。[1]
刑天舞干戚
人教大兴，轩辕黄帝屡屡得胜。蚩尤战败，巫族众人痛苦不堪。由于轩辕战蚩尤时，昊天天帝派九天玄女赠送天书支援，于是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大战昊天天帝，被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气吓跑了昊天天帝。
人族算计
由于九凤乃祖巫强良胞妹，巫族残余势力以九凤为首。随后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复伤势，更炼化了三颗太古星辰。随后打算回到洪荒人间，杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。至此，巫族、妖族两族彻底销声匿迹，不复存在。[1]