早朝之时，皇后和懿贵妃临朝听政，其中还有一个年幼的皇帝，之后由恭亲王奕?为首传上谕，尊皇后钮钴禄氏为母后皇太后，尊号慈安。尊懿贵妃叶赫那拉氏为圣母皇太后，尊号慈禧。因皇帝年幼无法执掌朝政，由两宫皇太后垂帘听政，掌握实际政权长达半个世纪。
同治元年，1862年元年正月，太平天国内部发生了政变，史称天京事变。天京事变之后李秀成率军攻上海，清军联合美国人弗雷德里克.汤森德华尔组成的洋枪队，致使太平天国惨败。陈玉成在寿州被叛徒苗沛霖的出卖，逮捕，同年6月被处死。就在此时，曾国藩率领湘军围攻天京，洪秀全命令各地的太平军回援。同年，李鸿章攻江苏南部，左宗棠攻浙江，天京成为孤城。1863年12月4日，苏州守将谭绍光被部下杀死，苏州失守。1864年5月11日，常州失守。7月19日天京很快陷落，太平天国失败而告终。
同治十三年1874年2月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。12月初五，同治皇帝载淳病逝于养心殿，享年19岁。两宫皇太后召醇亲王奕譞之子载湉入承大统，赐奕譞以亲王世袭罔替，第二年尊其为光绪皇帝。
1870年7月14日，普鲁士首相卑斯麦就西班牙王位继承问题发表了挑衅性的埃姆斯密电，此事件触怒了法国皇帝拿破仑三世，并向普鲁士宣战，两军在阿尔萨斯和洛林地区展开阵势。天空黑云压顶，使附近的莱茵河失去了它本来的颜色，更多的是灰暗。两军相对炮轰，浓烟滚滚，炮火连天，而后骑兵相互冲杀，混战在乱军之中，马鸣长嘶，之后法军接连败北，皇帝拿破仑三世率近十万名法军在色当投降。9月4日，巴黎爆发革命，法国大资产阶级建立法兰西第三共和国，法兰西第二帝国灭亡，但普鲁士的军队仍在长驱直入。1871年1月18日，普鲁士国王威廉一世在法国凡尔赛加冕成为皇帝，成立德意志帝国。法国资产阶级**请求停战，2月26日在法国凡尔赛签订和约，取代法国在欧洲大陆上的霸主地位。
1873年11月，法国派安邺率军百余人攻陷河内及其附近各地，河内等地区战事告急。越南王阮福时请求驻扎在中越边境保胜地区的刘永福救援。刘永福接到越南王的求救书信之后，一手拿起油灯站于墙壁之前，望着贴在墙壁之上的地图，心里在想，越南与中国属于近邻，二者是唇亡齿寒在加之越南是中国的附属国，越南危在旦夕岂有不救之理。于是走出账外集合黑旗军向河内附近地区进发。这里多密林分布，再加之多河流湍急，容易埋伏。于是命令黑旗军埋伏于密林深处，另一部分的军队占领高山地区等待法军的前来。虽然是进入了冬季但是在这里没有冬季那么的严寒，多于瘴气所阻，百余名法军摸索着前进进入密林，等全军进入之后四周是万箭齐发，如同雨水落下，这些法军是来不及开枪也不知道这是哪里来的军队，四面的喊杀声一起，他们便是惊慌失措，胡乱的开枪。看着对方的旗帜原来这些都是中国的军队。安邺率领残军仓皇撤回，在撤回的小路两边有高山，正当他们缓下一口气之时，没想到山林之中惊鸟四起，滚石檑木而下，法军死伤无数，法军统帅安邺死在乱军之中，只有撤回越南南部。
1874年3月15日，法方全权代表与越方的全权使官在西贡谈判。法方在谈判桌上扬言，道：“越方向我们开放红河且给予我们在越南北部通商等多种权益，如果你们继续抵抗我们将向你们的王宫开炮。”此时越方代表正在想，清廷与他们的力量悬殊实在是太大了，光想依靠清廷是绝对不可能的保全自己，想到这里他们只有在法国高压之下被迫签订《越法和平同盟条约》、《西贡条约》。1880年11月，法国外交部通过驻俄文使曾纪泽表示法国在越南依《西贡条约》行事，法国有权保护越南。1881年初，法国外交部再次向曾纪泽表明越南与中国脱离一切关系。
1881年5月19日，刘永福率领黑旗军在怀德府纸桥展开决战，搬来土炮与法军对轰，其炮火连天，李维业及其副司令卢眉以下三十余名军官，两百余士兵葬身于炮火之中，狼烟遍地，地上是尸积如山，其军旗斜插在这片热土之上，在这战火之中燃烧，主将李维业的尸体运会军营。在此之间，法国**继续增兵，成立北越舰队。8月间，兵分两路，一部分加紧对黑旗军发起进攻，一部分进攻越南中部。舰队集结于在海面之上，炮轰越南中部，由于炮火太过于猛烈，越军败退，法军直逼其都城顺化，顺化危机被迫投降。越南王派出使节要求停战，迫使签订《顺化条约》，取得了对越南的保护权。
1882年9月15日，外交部向中方递交国书，国书有两条内容，第一，中方必须无条件的撤出驻越军队；第二，开放云南门户。之后将此国书呈上于朝廷。光绪皇帝看了看国书，心中怒火中烧，但是还是要看看身后的两宫太后的脸色，道：“法方提出两个条件，第一的撤军；第二是打开云南门户为商埠，诸位卿家议议吧。”
张之洞站出道：“皇上，云南是大清西南门户，如果西南一旦被打开，不只是云南，还有四川等西南的大片土地都会落入法军之手，还危机我们大清国，这可是列祖列宗打下来的江山，土地不可失，出兵吧；其二法方在普法战争之中失利，急需扩大战果如果此战一胜他们必伤元气。”
左宗棠、曾纪泽站出仰目于朝堂之上，道：“皇上，臣愿带兵抗击法军，将他们阻挡在国门之外。”
此言说到了光绪皇帝的心坎之上，心中有所喜站立而起，道：“卿家所言有理，出兵抗击法军。”
此时坐在帘中的慈禧太后道：“皇上不可鲁莽，多听多看多想然后再说话，”光绪皇帝转身道：“母后。”
“坐下，不要让这些大臣看你的笑话，”光绪皇帝心中有些憋屈，之后有一个太监送上国书，道：“皇上，李中堂送来国书。”
“呈上来，”之后将国书呈上，光绪皇帝将国书转承于帘后的两宫太后。慈禧太后将国书递给坐于旁边的慈安太后，道：“姐姐，你先看吧。”
“妹妹，这你最有主见，你先看吧，”慈禧将国书打开，上面写道：“圣上，我大清自鸦片战争以来，战火连年，其国力疲惫不堪，百姓困忧，不可力战，战则国力大损，民生凋敝，为今之计只有休养生息，发展水师，为此臣有两策可为上，其一派军队出关援助越南，不可主动向法迎战；其二，法国欲意打开西南门户与第三国不利，臣与第三国谈判调停达成协议。”李鸿章此策让慈禧来说无疑不是一种心里安慰，道：“国之栋梁，李中堂也。”最后走出帘子向众大臣道：“衅端不可自我而开。”
1882年10月25日，法国东京海域分舰队司令孤拔授命北越统帅，向红河三角洲的中国军防地发动进攻。1882年12月法军进攻山西，中国军队被迫抗击。16日占领山西。1884年，米乐继孤拔为法军统帅，兵力增至一万六千人，向北宁进发，北宁主将闻讯弃城而逃，士兵溃散，北宁陷落。19日，太原失陷。
1884年6月23日，法军突然向谅山附近的中国军队阵地炮击，顿时阵地之上是炮火连天，城楼顿时被轰的粉碎。清军仓皇迎战，死伤无数。7月下旬，两江总督曾国荃在上海与巴德若谈判，法方要求中方必须撤出越南全部军队并赔偿三千万两白银。两江总督曾国荃听到此拍案而起离去，之后法军任孤拔为统帅，炮轰基隆，督办台湾事务大臣刘铭传因兵力不足，退守淡水抗击。23日，法国军队突袭中国福州的马尾，两军在海面上展开大规模的海战，十一艘战舰在法军炮火猛烈的轰击之下或沉或伤。法军舰队驶进马尾炮轰马尾船厂，四周的炮火隆隆，顷刻间被击毁。3月底，进军镇海，法军遭到招宝山炮台的中国军队还击，法军主舰后舱起火，只有退回。
1885年2月，法军进攻谅山，广西巡抚潘鼎新不战而退。十天后，法军侵占镇南关，后因兵力不足，焚关而去，退至文渊、谅山，伺机而后动。老将冯子材临危受命帮办广西关外军务，驰赴镇南关整顿军队，部署战守，获得军情得知法军必将再犯镇南关。将众将领召集在军帐之中训话道：“法军进犯镇南关之时因兵力不足而退去，这次前来必将倾巢而出，”之后冯子材命身边的卫士走上前打开地图，道：“镇南关是通往我大清重要的关隘，镇南关一旦被攻破，其西南门户洞开，云南、四川、贵州将会首当其冲。”随后在隘口抢筑一条横跨东西两岭，高七尺，长三里，底宽一丈的长墙，墙外深掘堑壕，筑成了较完整的防御阵地。
3月23日，法军兵分三路，再次大举进犯镇南关。大兵压上城墙之外，大炮推上前，法军统帅骑上高头大马缓步走上前，拔出腰间的佩刀挥上前，呼道：“开炮。”炮轰长墙，而后大军扑上。七十高龄的冯子材将军手操战刀，亲率大刀队，大呼一跃出墙与敌军拼杀在长墙之外，其子相华、相荣带领守城的官兵跃出一阵砍杀，此景激励全军将士，像决堤的洪流一样涌出城墙，势不可挡。一时间枪炮声停息，硝烟飘散，两军混战成一团，相互厮杀，敌军的阵势顿时乱成一团，而后苏元春、王孝祺、陈嘉率大军冲出，三面攻击，经过两天顽强激战，法军败退。
此时，老将冯子材亲率大军趁胜追击，法军统帅尼格里见大军奔来，吆喝声，喊杀声响彻云霄，顿时落马摔成重伤，两名法军将领为掩护尼格里出逃被生擒。
捷报传到朝廷，光绪皇帝受到捷报之后，满心欢喜道：“好！打得好啊！将此报传下去可激励我大清全军将士的斗志，对参战将士嘉奖，官升一级，对于望风而逃的官员重惩，贬官斩首或削职永不叙用。冯子材老将军老当益壮赐布匹粮食千石，俸银增至二十万两荣归故里，不用上报直接下达。”
中堂大人李鸿章上前来，道：“皇上，凡事适可而止，不可再挑起战事。”
身后的两宫太后，道：“李中堂可有什么策略？”
“与法方签订停战协议，从整个局势来看，敌军在海上势如破竹，而我大清却无还手之力。我们可借此停战，见好就收与民休养，借此休养之机建设一个属于我们大清国强大的海上战舰，只有这样才能抵制强敌入侵。”
“好吧，就按李中堂的意思去办吧。”
光绪皇帝依然不服气，道：“母后，这样且不是我们大清认输了吗？在前线浴血奋战的将士们且不是寒了他们的心了吗？”
“凡好战者，国必弱，我们大清几经战事，不宜再战，如今只有停战发展实力，这样才是我大清之中兴之举。汉朝的高祖在白登受挫之后远嫁公主和亲，发展实力，休养生息，恢复和发展经济，六十年后经济繁荣，国力强盛，到武帝时期北击匈奴，开疆扩土。在隋唐时期，唐高祖起兵逐鹿中原，建唐之初，突厥南下，太宗皇帝杀马结盟，远嫁公主和亲稳定内局，国力日强，从防御转向进攻，灭**厥，征服吐谷浑，灭高昌，平焉耆，灭薛延陀，征龟兹，在征服西突厥，海内臣服。皇上，凡成大事者忍常人之所以不能忍，发展国力，一击如雷霆之势，就像武帝和太宗皇帝一样，四海臣服。”
1885年6月9日，清廷与法国签订停战协议和《中法新约》，中国不败而败，法国不胜而胜，中国边境开辟两个通商口岸，所运货物，进出云南、广西边界应纳各种关税，照现在的通商税则较减；日后中国修筑铁路，应向法国业者之人商办。中法两国派要员在中越边境会同勘定界线，法军退出台湾、澎湖。中国承认法国吞并安南，中国西南门户打开。
法国军舰沿长江而上，向重庆驻军，建立租界，由中国派兵保护。