病因:引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六淫“的概括;阴阳喜怒乃“七情“的概括;饮食居处即“饮食劳倦“。可以认为这就是后世三因说之滥觞。
2.发病:正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展，这就是“正气存内，邪不可干“之意。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来“，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚“等，都论证了这一点。
3.病变:疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，用表里中外归纳的，用寒热归纳的，从虚实而论者，实指邪气盛，虚指正气衰。概括说来，有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。
折叠诊法学说
望闻问切四诊源于《黄帝内经》。
1.望诊:包括观神色、察形态、辨舌苔。
观神色者，如《灵枢·五色》、《灵枢·五阅五使》和《灵枢·五色》所载，这些在临床上都很有意义。
察形态者，是察看人的骨肉皮肤而推断病情，在临床上虚实是错综复杂的，只有知其常，才能达其变。
辨舌苔者，如《素问·热论》、《素问·刺热论》和《灵枢》所载等等。
2.闻诊:包括闻声和嗅气味。
闻声音者，是听患者的声音而诊断病情。
其次是嗅气味，如《素问·金匮真言论》所说，肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，肾病其臭腐。
3.问诊:问讯患者的自觉症状，以诊断病情。
4.切诊:包括切脉与切肤。《黄帝内经》言切脉最详，主要为:
(1)三部九候法:即分头手足三部，每部分天地人三候。
(2)人迎寸口脉法:即兼诊人迎和寸口两处之脉，互相比较。
(3)调息法:即调医者之呼吸，诊病人之脉候。
(4)谓胃气脉:脉象之中有无胃气，至关重要，有胃气则生，无胃气则死。
(5)六纲脉:《黄帝内经》所载脉象很多，如浮、沉、迟、数、虚、实、滑、涩、长、短、弦、细、微、濡、软、弱、散、缓、牢、动、洪、伏、芤、革、促、结、代、大、小、急、坚、盛、躁、疾、搏、钩、毛、石、营、喘等等。但常以六脉为纲加以概括。
其次是切肤:肤泛指全身肌肤，按肌肤而协助诊断的内容很多，如“按而循之“、“按而弹之“等等。但论之最详细的是切尺肤。因为脉象与尺肤有必然的联系，故诊病时亦可互相配合。
折叠治则学说
研究治疗法则的学说称治则学说。
1.防微杜渐:包括未病先防和已病防变。如“春夏养阳、秋冬养阴“等皆言预防疾病，有病早治防其传变。
2.因时、因地、因人制宜:
因时制宜者，是告诫医者用药勿犯四时寒热温凉之气。
因地制宜者，在治疗时不可一概而论，必须加以区别。而《素问·异法方宜论》论述东南西北中“一病而治各不同“的因地制宜甚详，如东方之域，其治宜砭石;西方之域，治宜毒药;北方之域，治宜灸祔;南方之域，治宜微针;中央之域，治宜导引按偁。
因人制宜者，如《素问·五常政大论》和《素问·征四失论》所载。
3.标本先后:即因病之主次而先后施治。有关标本先后施治的大法在《素问·标本病传论》中叙述最详。
4.治病求本:这是《黄帝内经》治则中最根本的一条。《素问·阴阳应象大论》说:“治病必求于本。“
5.因势利导:在治病求本的基础上巧妙地加以权变。
6.协调阴阳:此为治疗之大法要义。
7.正治反治:正治亦称逆治，是与病情相逆的直折的治疗方法。比如“热者寒之，寒者热之，虚者补之，实者泻之“之类;反治也称从治，如“寒因寒用，热因热用，通因通用，塞因塞用“之类。
8.适事为度:无论扶正还是祛邪都应适度，对于虚实兼杂之症，尤其应当审慎。切记“无盛盛，无虚虚“，即使用补，也不能过。
9.病为本，工为标:《素问·汤液醪醴论》指出:“病为本，工为标。“这是说病是客观存在的，是本;医生认识治疗疾病，是标。医生必须以病人为根据，这样才能标本相得，治愈疾病。
10.辨证施治:《黄帝内经》虽未提出“辨证施治“一词，却有辨证施治之实。上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。
11.制方遣药:《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。
12.针刺灸祔:《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者非常多，仅仅补泻手法就有呼吸补泻、方员补泻
黄帝内经》接受了中国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气“形成的。在“人与天地相参“、“与日月相应“的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。
一、“气“是宇宙万物的本原
老子在《道德经》云:“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母。“认为构成世界的原初物质是形而上者的“道“。宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气“。《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气“是宇宙万物的本原，“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天“。在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动