崇祯皇帝命礼部会词臣详议。议上，遂焚其板。侍讲孙之獬，魏忠贤党也，闻之，诣阁大哭，天下笑之;然孙之獬不肯罢休，一面上《力疾不能供职疏》，一面指责崇祯皇帝为不孝之人，竟然下此狠手;崇祯皇帝想起这个孙之獬一大罪状。
原来前世满清进关时，多尔衮强迫汉人按满人风俗剃发易服，当时人俱谓：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。”，多尔衮见汉人都强烈抵制，也假惺惺地表求“天下臣民照旧束发，悉从其便”。孙之獬是个官迷，他不仅自己带头剃发易服，还上疏给多尔衮要求强制执行，当初，多尔衮只是采用权宜之计，孙之獬的这个奏折一上，多尔衮正好“顺水推舟”地强迫汉人剃发易服。
孙之獬这举给汉人带来了无穷的祸患，死在不肯剃发易服上的汉人数以万计；后来，孙之獬被满清罢免，回乡时被义军当成卖国贼处死，义军将孙之獬身上遍刺针孔，再插上毛发以示对这个汉奸的讽刺，孙之獬被斩首后，尸体暴露于闹市之中，无人收敛。
当时，与黄宗羲、王夫之齐名的明末清初思 想家顾炎武闻知孙之獬的死讯后，写《淄川行》以贺：
张伯松，巧为奏，大纛高牙拥前后。罢将印，归里中，东国有兵鼓逢逢。
鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。
孙之獬的死讯不久后传到京城，吏部尚书兼侍读学士陈名夏认为应该予以抚恤；当时，启心郎宁古里则认为孙之獬被罢官，不应该给他抚恤，顺冶阅毕陈名夏、宁古里的奏折后，决定不给孙之獬抚恤。
朝臣弹劾孙之獬对皇上不敬，崇祯皇帝心里厌恶孙之獬，于是将他夺官削籍，令其回乡居住。魏忠贤死后，崇祯帝欲因台谏言定逆案。召大学士韩爌、李标、钱龙锡，吏部尚书王光永，谕曰：'朕欲定附逆人罪，必先正魏、崔首逆，以次及附逆者。如首开谄附、倾陷拥戴、及颂美不置与未词颂而阴行赞导者。据法依律，无枉无狥，卿等数日内其确定以闻。“
阁臣这下都傻眼了，知崇祯帝追查阉党的气势不可阻止，乃曰：“臣等职司辅导，三尺法非所习也。”崇祯帝召问吏部尚书王永光，对曰：“吏部所谙考功法耳，不习刑名。”崇祯帝于是召刑部尚书乔允升，左都御史曹于汴参定之。
眼见崇祯皇帝有意昭雪冤情，要彻底清算阉党，法司不敢怠慢，于是经过数日审讯后，呈上一份名单：魏忠贤逆案，首逆凌迟者二人：魏忠贤，客氏；首逆同谋决不待时者六人：崔呈秀及魏良卿，客氏子都督侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚；交结近侍者十八人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、薛贞、吴淳夫、李夔龙、曹钦程，大理寺正许志吉，顺天府通判孙如冽，丰城侯李承祚，都督田尔耕、许显纯、崔应元、杨寰、孙云鹤、张体乾；结交近侍次等十一人：魏广微、周应秋、阎呜泰、霍维华、徐大化、潘汝祯、李鲁生、杨维垣、张讷，都督郭钦，孝陵卫指挥李之才。
这份名单中首逆及不待时处斩者中：魏忠贤，客氏、崔呈秀、魏良卿。侯国兴、李朝钦都已经是死人了，真正要斩的是李永贞、刘若愚两个太监。崇祯皇帝看了以后，批示道李永贞可即时处斩，刘若愚此人暂时先关押在监狱中，崇祯皇帝之前跟刘若愚打过交道，知道他呆在宫里几十年，对宫里的情况很熟，能说会写，是个人才，杀了未免可惜。
崇祯皇帝接下来往下看，他越看越生气，原来这份名单中首先涉案的人太少，有很多阉党都逃脱了惩罚，其次除了上述斩首的人以外，其他人定的处分，仅仅只是充军、罚款这种”不痛不痒“的处罚。崇祯帝对刑部尚书、表示自己不满意，于是再令尽列以闻。且曰：'此辈无廉耻皆当重治，轻则削籍。'
崇祯帝认为陆万龄就是个漏掉的阉党，陆万龄本来只是个监生，为了巴结魏忠贤，竟然恬不知耻地上书曰：“孔子作《春秋》，魏忠贤作《要典》。孔子诛少正卯，而魏忠贤诛东林党。”他表态应该要把魏忠贤移入国子监，与孔子并排奉贡：“上公之功，在大禹之下，孟子不能及也！”魏忠贤颇赞赏陆万龄，当时，原国子监司业因看不惯魏忠贤辞官而去。陆万龄此后在国子监行事更加“肆无忌惮”，竟然公开向监生们索贿，逼得监生们纷纷离去。
崇祯帝又表态对于许显纯这种“伤天害理”之人，要审查清楚；原来魏忠贤当年害死杨涟、左光斗等六君子之后，仍然意犹未尽地意图杀害更多东林党人，魏忠贤首先谋害名列《东林点将录》之天闲星入云龙左都御史高攀龙，高攀龙闻讯后自尽而死，其次将目际对准了地周星跳涧虎福建道御史--周宗建。
周宗建生于万历十年（公元一千五百八十二年），字季侯，吴江人，少时喜欢说家人讲杨继盛故事，感叹道：”忠魂不散依旧护卫中国！“，并立志以杨继盛为榜样。万历四十一年（公元一千六百一十三年）考中进士。授浙江武康（今湖州市德清县）知县，他累官升为福建道御史，巡按湖广。
天启元年，周宗建为顾存仁、王世贞、陶望龄、顾宪成请谥，追论万历朝小人，历数钱梦皋、康丕扬、亓诗教、赵兴邦乱政罪，并诋李三才、王图。时辽事方棘，周宗建上疏责备辅臣。无何，沈阳破，周宗建责当事大臣益急，因请破格用人，召还熊廷弼。
周宗建论兵部尚书崔景荣不当信奸人刘保，辅臣刘一燝不当抑言路，又刺右通政林材、光禄卿李本固。林材、李本固遂移疾辞官而去；魏大中劾王德完庇杨镐、李如桢，周宗建为王德完力攻魏大中，其持论数与东林党相左。