皇宫之中，张让等宦官们在后宫中坚持不住，乃入长乐宫奏报何太后，谎称大将军的部下谋反，乘机裹胁何太后、少帝、渤海王刘协和省内官属，劫持宫内其他官员从天桥阁道逃向北宫德阳殿，何太后中途被尚书卢植所救。
次日，张让、段珪等迫于追兵，被困北宫中，无计可施，只好带着少帝、渤海王等数十人步行出谷门，往黄河岸边逃去。众人连夜奔走至北邙山，约二更时分，后面喊声渐起，有人马赶至，当前之人乃河南中部掾吏闵贡，闵贡大呼道：“逆贼休走！”
张让见事情到了这个地步，，知道死期已到，乃向少帝拱手再拜，并叩头辞别，遂投河而死。少帝与皇弟刘协不知虚实，也不敢高声，伏于河边乱草之内。闵贡军马不见天子，便四散去追寻，不知少帝之所在。
少帝与皇帝伏至四更，露水又下，腹中饥馁，相抱而哭；又怕人知觉，吞声草莽之中。皇弟刘协：“此处不可久留，当别寻活路。”于是二人以衣相结，爬上岸边，满地荆棘，黑暗之中，不见行路，十分狼狈。行至五更，足痛不能行，在山冈边见一草堆，帝与王卧于草堆之畔。
草堆前面是一所庄院，庄主是夜梦两红日坠于庄后，惊觉，披衣出户，四下观望，见庄后草堆上红光冲天，慌忙往视，却是二人卧于草畔。庄主问曰：“二少年谁家之子？”帝不敢应。渤海王指帝道：“此是当今皇帝，遭十常侍之乱，逃难到此。吾乃皇弟渤海王也。”
庄主大惊，慌忙拜道：“臣先朝司徒崔烈之弟崔毅也，因见十常侍卖官嫉贤，故隐于此。”遂扶帝入庄，跪进酒食。闵贡赶上段珪，拿住问询：“天子何在？”珪言：“已在半路相失，不知何往。”闵贡遂杀段珪，悬头于马项下，分兵四散寻觅；自己却独乘一马，随路追寻。偶至崔毅庄，毅见首级问之，闵贡说出详细，崔毅连忙引闵贡见帝，君臣痛哭。
闵贡道：“国不可一日无君，请陛下还都。”
崔毅庄上止有瘦马一匹，备与帝乘，闵贡与渤海王共乘一马，离庄而行，不到三里，司徒王允、太尉杨彪、左军校尉淳于琼、右军校尉赵萌、后军校尉鲍信、中军校尉袁绍，一行人众，数百人马，接着车驾，君臣皆哭。先使人将段珪首级往京师号令；另换好马与帝及渤海王骑坐，簇帝还京。
车驾行不到数里，忽见旌旗蔽日，尘土遮天，一枝人马到来，百官失色，帝亦大惊。
袁绍骤马而出，问道：“来将何人？”
绣旗影里一将飞出，厉声问道：“天子何在？”
帝战栗不能言。渤海王勒马向前，叱道：“来者何人？”
董卓马上答道：“西凉刺史董卓。”
渤海王手指董卓，呵斥道：“汝来保驾还是来劫驾？”
董卓连忙应道：“奉大将军命特来保驾。”
渤海王道：“既来保驾，天子在此，何不下马？”
董卓大惊，慌忙下马，拜于道左。渤海王以言抚慰董卓，自初至终，并无失语。董卓暗奇之，已怀废立之意，是日还宫，见何太后，俱各痛哭，检点宫中，不见了传国玉玺。少帝回到宫中后，大赦天下，改元为昭宁。
董卓屯兵城外，每日带铁甲马军入城，横行街市，百姓惶惶不安，出入宫庭，略无忌惮。并诱使吕布杀害执金吾丁原，丁原其士兵亦被董卓所并，董卓又设计招诱何进兄弟部下之兵，尽归掌握，一时之间，声势浩大。董卓自封为司空，权倾朝野，但他知道并不是所有人都服他，乃决定废少帝，另立渤海王为帝以提高自己的威望，由于董卓手握重兵，朝中除卢植和袁绍外无人敢反对，遂定下废立大计。
在一次会议上，董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立渤海王刘协为天子！”
在场官员大多慑于董卓的淫威，对他独断专行、随心所欲的行为敢怒不敢言。只有尚书卢植当面提出反对意见，认为少帝只是年纪幼小，行为品性根本就不能与太甲和昌邑王相提并论。董卓大怒，没想到卢植如此不敬，胆敢当众反对自己，便立即命令士兵将他推出斩首，幸亏众臣极力劝阻，卢植才免于一死。之后，董卓废掉少帝，将他贬为弘农王；另立刘协为汉帝。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后，以致皇太后忧虑而死。这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌管全**事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓成为“一人之下，万人之上”的国相，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权，自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。董卓还暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团。封侯后，董卓极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人，董卓利用手中特权，重新提升和任用大批党人，如吏部尚书周铋、侍中伍琼、尚书郑公业、长史何颥、司空伍处士等。董卓受周毖、伍琼之言，为收纳名望和平息反对，重新任用党人，荀爽、陈纪、韩融都不自愿地受到任用，又以袁绍为渤海太守、韩馥为冀州牧、刘岱为兖州刺史、孔伷为豫州刺史、张邈为陈留太守、张咨为南阳太守等
董卓见城中富足贵族府第连绵，家家殷实，金帛财产无数，便放纵手下士兵，实行所谓“收牢”运动。这些士兵到处杀人放火，奸淫妇女，劫掠物资，把整个洛阳城闹得鸡犬不宁，怨声载道。
而朝中一批俊杰纷纷外逃，袁绍远奔河北，袁术南下南阳，曹操遁往陈留，鲍信归泰山。