明智光天回到东京不久，又再次对学园都市里的黑社会进行了围剿，同时在御坂美琴、白井黑子等人的帮助下，学园都市的治安提升了不少，众人感到非常高兴，唯独明智光天却高兴不起来。
9月29号的晚上，明智光天坐在办公室里，会想起三天前的事情，原来，在三天前，东京通往唯一一条学园都市的高速公路提前修复完毕，明智光天、鹿目圆和美树沙耶加的校长和老师们都在不停地打他们的电话，让他们赶紧回到东京上课，不然她们留级。
明智光天想到这里不禁叹了一口气。
（看样子，只能跟美琴她们告别了。）
第二天，明智光天把御坂美琴她们叫来，告诉了他们要离开学园都市的事情。
白井黑子有些吃惊：“啊，你们要走了？”
明智光天点了点头：“嗯，因为唯一一条从东京通往学园都市的高速公路已被提前修复，我和小圆她们的校长不停地打电话让我们赶紧回学校上课，所以，我们不得不回去了。”
白井黑子有些不满：“啊，你们的校长也太过分了，我们还想带你们多参观一下这里，你们接下来要走了，还真是可惜了！”
“白井同学，这也没有办法啊，小天他们已经旷了一个月的课程，倘若他们再不去上课的话，他们不但被留级，甚至也无法毕业。”
御坂美琴安慰道：“小天，你也别难过，虽然你们要离开这里，但我们还是有机会再见的。”
“这个我知道，你无需安慰我。哦对了，我给你们一样东西。”
明智光天拿出了一些令牌。
佐天泪子问道：“这是......”
“这是我们指挥军队用的，虽然你们并不是我们明智军团的一员，但是你们也帮了我们很多忙，我准备留一些经过特殊训练的士兵给你们，你们拿着这些令牌，他们会听候你们的差遣，维护学园都市的治安。倘若不够的话，我会再想办法训练一些士兵驻扎在学园都市。”
初春饰利笑着说道：“您太客气了，其实也不需要，我们风纪委员和警备员一定能维护学园都市的治安。”
“那也不一定，假如说你们突然遇到一支难对付的部队，我们的部队也能派上用场，毕竟你们也见过我们很多厉害的武器。”
御坂美琴回答：“那还真是谢谢你们，我们会好好珍惜你的士兵们的。”
佐天泪子问道：“那你们打算什么时候走呢？”
“我们打算今天下午离开，我们可不能再耽误学习时间。”
初春饰利问道：“那我再叫上其他人一起来送你们吗？”
“最好不要，因为学园都市的理事们要是知道我们要离开，定会派暗部组织来杀我，所以最好不要打草惊蛇。”
白井黑子吐槽了起来：“呵呵，那是当然的了，毕竟你多次破坏暗部组织很多行动，他们不恨你才怪呢！”
“黑子，别说了！”御坂美琴有些生气。
明智光天拿出了一封信：“哦对了，沙耶加写了一封信给当麻，美琴，你跟当麻的关系比较好，所以她希望你能把这封信交给他。黑子，这件事情你不会介意吧？”
众人望着白井黑子，白井黑子流出了冷汗。
“你们看着我干嘛，我......我不介意的，只是叫姐姐大人送封信，没什么大事，只希望那个类人猿不要对姐姐大人图谋不轨就行了。”
御坂美琴有些无语：“好了好了，谢谢你的关心了。”
之后，明智光天一行人于下午两点左右离开了学园都市。
与此同时，上条当麻和茵蒂克丝在路上逛街，御坂美琴叫住了他们。
“喂！”
上条当麻和茵蒂克丝看到御坂美琴后有些奇怪。
上条当麻问道：“哦，是你啊御坂，有什么事吗？”
御坂美琴拿出了一封信，茵蒂克丝有些吃醋了。
“喂，短发，你是不是写了份情书给当麻吗？”
御坂美琴愣住了：“当......当然不是了。”
“如果不是那你为什么脸红呢？”
御坂美琴一听，咳嗽了几下：“不好意思，他之前帮过我一个忙，就是有些心存感激。我手中的这封信是沙耶加写给你的。”
茵蒂克丝一听立马问道：“沙耶加？是不是那个蓝毛？”
御坂美琴有些无语：“呃，是的！”
上条当麻问道：“那她写信给我干嘛呢？”
“你拆开来看就知道了！”
上条当麻递过了御坂美琴手中的信，打开了看到了美树沙耶加写的内容：上条当麻，你过得好吗，当你看到这封信的时候，我和小圆跟着明智那小子他们已经离开学园都市要返回东京了，请原谅我的不辞而别，虽然我也很想跟你、美琴、茵蒂克丝她们再相处得久一点，但是我们的校长一直在催促我们返回学校上课，所以我们不得不离开，来不及跟你们告别，对不起。很高兴能在学园都市认识你们，成为朋友，希望有朝一日还能再相见，我走了，保重！美树沙耶加
茵蒂克丝看了后哭了。
御坂美琴安慰道：“茵蒂克丝，你别哭了，虽然他们离开学园都市，但还是有机会能再见面的。”
茵蒂克丝大发雷霆：“我不是在哭，我现在很生气，明智光天他们要走了居然不跟我和当麻说一声，真简直是对我们的不敬！”
茵蒂克丝在大发雷霆的同时，还咬了上条当麻的脑袋以表示自己的愤怒和不满，这让上条当麻痛得大叫。
“哎呀，不幸啊！！！！！！”
御坂美琴有些无语，不知道该如何是好。
大约过了一分钟，茵蒂克丝松口了，上条当麻摸着自己的脑袋来缓解疼痛，他望着天空，浮现出了明智光天他们的身影，甚至回想起了与明智光天他们相处的时光。
（各位保重，希望我们还能相见，谢谢你们！）
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