小智他们在告别了大木博士后就乘坐游轮前往内木博士所在的橘子qun岛的岱柑岛。
当然，游轮是免费的。那是因为小智买东西买的太多而进行抽奖，小智一下子就抽中了豪华游轮券，这让小霞她们很吃惊。没办法，小智在这方面一向运气好的惊人。
再说现在跟着小智的女孩子有很多——小霞、竹兰、小丽、圣代、娜姿、小蓝、红月、还有科拿，算上小智加起来一共九人。光食物费就不是一笔小数目，还有小精灵的药品和女孩子们的一些用品。幸亏小智是大富豪，要不然就饿肚皮吧。
在海上航行了一天后，当天下午就来到了岱柑岛。
于是小智他们在问了护士小姐后就前往内木博士的研究所。
到达了研究所后，内木博士也刚好做完研究。然后就带着小智他们去那个所谓的神秘物品，可是小智看到后说道：“这不是精灵球吗？”
“是的，这是我在别的地区考研的时候偶然发现的。因为上面的字母很像‘GS’，所以就取名为‘GS球’。可是无论如何也打不开，电击、钻头、斧砍……都不行，也不能进行传送。我想如果是小精灵的大学者——大木博士的话，应该有办法解决。”内木博士说道。
接着小智他们就打通了大木博士的电话，大木博士称赞了内木博士上个月在《小精灵研究月刊》中发表的宝可梦之地域差异与适应性的中间报告写的十分精彩，而内木博士也夸奖大木博士写的宝可梦与人探讨系列也很不错。通完电话后，内木博士带大家到后院参观，并跟小智等人介绍因为这边离城市很远气候环境不同，所以宝可梦也有一些差异，她就是在饲养这些宝可梦时，记录它们的资料。
吃过晚饭后，深夜时刻内木博士为了保护拉达不受霸王花的麻痹粉侵害，，而自己也中了麻痹粉。护士小姐批评了内木博士，但是也多亏了内木博士，拉达很快就脱险了。第二天，内木博士和大家告别。
接着小智他们就继续乘坐游轮来到了澎柑岛，因为游轮的终点站就是澎柑岛。
小智他们在登上岛屿后就受到了热烈欢迎，后来在听到广播后才知道澎柑岛正在举行野生小精灵主题公园。
在经历一番寒暄后小智他们就前往小精灵中心准备休息一下，可是在路上他们碰到了一qun不良少年正在欺负一对乘龙母子。于是小智他们就打跑了那qun不良少年后就把乘龙母子送到小精灵中心进行救治。
在小精灵中心护士小姐嘱咐小智他们不要招惹那qun不良少年，还告诉小智那qun不良少年正准备挑战南十字星。
正当小智准备向护士小姐问南十字星是什么的时候，小霞突然说道：“所谓的南十字星就是位于橘子qun岛各地道馆的道馆训练家。”
“小霞，你怎么知道的？”小智问道。
“小健给的这本导游书上有说明啊，谁让你不看来着。”小霞说道。
“我倒是想看，关键在你手里我怎么看啊……等等，你刚才说橘子qun岛也有联盟？我怎么不知道？”小智说道。
“因为橘子联盟很小，不像关都、城都、芳缘……那些大型联盟，所以你不知道并不奇怪。怎么，小智？如果你想参加橘子联盟的话就得向南十字星挑战，并且打败他们。不过，我告诉你哦，南十字星的挑战可不普通。”这时科拿说道。
“你说什么啊，科拿姐。联盟比赛就在眼前，我哪能不参加呢？”小智对着南十字星的海报，眼睛闪闪发光的说道。
“那GS球的事情怎么办呢？我们还要带回去给大木博士呢。”小霞说道。
“这个嘛，小意思。”
于是小智就接通了大木博士的电话——
“……情况就是这样，我要留在这里参加橘子联盟大赛。”小智对着屏幕上的大木博士说道。
“这样啊，挑战橘子联盟啊……如果我说不行的话你也不会听，那好吧，就依你了。反正GS球的研究也不要紧。”大木博士说道。
“不愧是博士，做人就是要这样！”小智对着屏幕兴高采烈的说道。
“小智，你就在那边先进行一些修行吧。你可别忘了6个月后天王选拔赛。”大木博士说道。
“知道了，博士。”
说完后小智就挂上了电话，这时护士小姐走过来说道：“那对乘龙母子已经醒了，你们过去看看吧。”
于是小智他们就去看望乘龙了，而乘龙妈妈似乎很感激小智他们，但是依旧对小智他们有着一丝警戒心。那只小乘龙可就不一样了，非常害怕小智等人。
“我想小乘龙可能受到那qun人的伤害而变得极度害怕人类了吧，那qun贪得无厌的人真是可恨！”小丽生气地说道。
就在这时——
一个烟雾弹从天而降。慌忙中小智他们只保护好了乘龙妈妈，而小乘龙却被那qun不良少年给劫走了。
于是小智嘱咐好小霞照顾好乘龙妈妈后就去追赶那些不良少年了。
在经历一番争夺战后小智顺利夺回了小乘龙，并且小乘龙也打开了心扉。
就这样小智收服了小乘龙，小霞收服了乘龙妈妈。
接着小智他们就开始了橘子qun岛的征途，因为没游轮，所以小智一个人乘坐小乘龙，而小霞、圣代、竹兰与娜姿乘坐乘龙妈妈，科拿也拿出自己的乘龙与小丽、小蓝、红月一块乘坐。
就这样小智他们就前往橘子qun岛的第一个道馆——夏干道馆，小智会与道馆训练家发生什么样的对决呢……
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