政治，从来都是不是从一而终的。一个帝国被外敌攻击，也许可以抗很长的时间，但内部的侵蚀，瓦解往往就是一瞬间。在商盟和德西克各自忙于自身事务的时候，动乱最初的发起地，圣何塞，也在经历着巨大的动荡，然后，渐渐趋于平静。
黑暗崛起的老巢一直就在京都城附近，组织的高阶魔法师除了部分宫廷魔法师之外，还有不少是属于各大地方贵族家族的。也许和京都城的大人物相比他们不算什么，但是在各自的郡省，这些家族的能量还是不小的。黑暗崛起做了多年准备，他们对军届、政届做了大量的渗透工作。
当然这些肯定是不够的。在京都城动乱开始的初期，京都城内的平民反抗是被温德尔将军带来的西部边防军强行镇压的。边防军士兵将城内仅有的近卫军、学生兵屠戮一空，尤其是那些学生兵，很多都是各大贵族家的子弟。一时之间京都城暴乱四起。
然而，黑暗崛起是一个魔法师组织，恐怖的魔法师让所有的平民在最初的混乱过后，不得不屈服于他们威胁。黑暗魔法师在京都城中，召唤出了四只巨大的元素怪兽，风火水土各一只。每一只元素怪兽身高都达到50度克，面目狰狞，稍有异动元素怪兽就会发出攻击。这些元素怪兽身上发出的无论是一束水还是一团火，都不是普通人可以抵挡的。
在魔法师和军队共同的镇压下，京都城经历了超过七天的时间的动乱，然后逐渐恢复了平息。虽然大多数人敢怒不敢言，但动乱总算是结束了。
在这场动乱中，流了太多的鲜血。
首先是莱因克尔和他的京都城守军。在大图书馆中，梅林最终还是没有放过这个皇室的坚定支持者，莱因克尔最终和他的近卫军士兵全部死在叛乱之中，近卫军的尸体被黑暗魔法师利用空间魔法，不知道传送去了那里。大部分只知道，一夜之间，那些白盔白甲的近卫军，就从京都城消失了，换成了穿着皮甲的边防军。
魔法师同样如雨后春笋般冒了出来。在以前，只有白色法袍的宫廷魔法师，他们大多数情况在红堡和大图书馆活动。但是现在，京都城的大街小巷，许多人开始身穿魔法师的黑色法袍，见面就是一套宫廷礼仪，以表明自己的魔法师身份。
许多反对黑暗崛起的贵族，被从家中拖出，集中关在了原近卫军的军营中。
“这些反对的人怎么办，总不能都杀光吧！”自从完成政变，梅林大魔导师总喜欢把自己关在红堡城最高的那座星辰塔中。在战争期间，梅林和贝宁皇帝，曾经在这见过一面，当时梅林从贝宁皇帝中，第一次看到了当年圣何塞皇室和宫廷魔法师的那纸盟约，也就是他现在手中的这张。
“盟约是盟约，一千年了，那时候适用的东西，现在可不一定适用。贝宁啊，你已经意识到了宫廷魔法师不可靠，可是，却还是希望依靠这样一张纸，即使，是被魔法永固过得纸。”
不过，梅林也是头疼，圣何塞的南方各郡省的接收并不顺利。按照黑暗崛起的计划，原本是要一切准备妥当之后，才会发动政变。但是德西克和圣何塞的战争走向一再改变，并没有完全按照最初的计划那样进行。梅林和黑暗崛起的其他高层们，也不得不根据形势调整了计划。
虽然京都城的夺权进行的相当顺利，但是南方各郡省一直都有一些抵抗的力量的。曼施坦因将军和他的数万名骑兵，是梅林最开始使用的那把“刀”。这些狼骑和游骑兵中，有许多贵族军官早已被黑暗崛起收买，而底层的士兵，也并不愿意再为德西克皇室继续战争。因此，这些人或被威逼、或被利诱，再或者原本就是黑暗崛起准备好的人。
在圣何塞的南方，各省守备军很多主力都已被调到北方库尔斯克战场，留在各郡省的私兵和残余的守备军，根本就不是德西克骑兵的对手。当然，许多郡省的军官、地方官员，原本就是黑暗崛起提前沟通好、联络好的。一旦黑暗崛起在京都城的行动开始，这些组织的外围人员就要开始响应。
所谓的不顺利，主要是从南海郡开始的。
黑暗崛起通过收买、利诱、威逼等方式，暗地里掌握了许多力量。但是从大部分的地方官员来说，他们还是忠于圣何塞皇室的。梅林大魔导师威名远扬，他发动政变之后，圣何塞的皇室几乎被一网打尽，这些地方上的官员，刚一开始就被打蒙了。等他们回过神来的时候，竟然发现他们连效忠的对象都没有了。
这也是梅林计划的高明之处，射人先射马、擒贼先擒王，打掉了圣何塞皇室，地方上的人立刻就没有方向。所以，当德西克骑兵和黑暗崛起的人一扫而去时，各地官员纷纷投诚，金色书券旗纷纷被抛落在地，这个伟大的圣何塞帝国，居然在短短的时间内就此消失。
除了，南海郡的米港。
米港城是圣何塞皇家海军驻地，这里的海军士兵，一辈子都披着皇室的荣耀。在南方的战斗期间，一度损失惨重的圣何塞海军，从东部各郡省的守备军中挑选了大量后备士兵，补充进了队伍中。落荒而逃回京都城的威灵顿将军，也回到了海军统领的岗位上。在芭东海滩最后的决战中，皇家海军冲破德西克海军战船的包围，将近卫军骑兵送上了芭东海滩，为圣何塞的最终胜利做出了巨大贡献。
南方战事结束以后，威灵顿将军和他的皇家海军士兵一直待在米港城，北方主要是陆战，暂时还用不到他们。虽然黑暗崛起同样没有放过皇家海军的意思，但种种巧合之下，威灵顿逃过了黑暗崛起的清洗，那个巧合，就是他在战场上救下来的年轻士兵，冰夏。
冰夏是一名天然的魔法觉醒者，在精神风暴的攻击下，他发现了自己的能力，和威灵顿将军一起，回到京都城报信。后来，自然也是和威灵顿将军一会回到米港的皇家海军队伍中。因为天然魔法觉醒者的亲近之感，威灵顿将军一直将冰夏带在身边。也就是他，巧合的发现了黑暗崛起刺杀威灵顿将军的计划。
当时，威灵顿将军就组织自己的士兵反杀了黑暗崛起的刺客，甚至包括他自己的几名副手。黑暗崛起收买的人，都以目标对象的亲近之人为主，并许以日后的地位，威灵顿将军身边也不例外。再之后，威灵顿将军和他的皇家海军，将黑暗崛起的势力逐出了米奈希尔港，将这座海军军港牢牢的控制在自己的手里。同时，不明所以的威灵顿还派出斥候到圣何塞各地打探消息。
斥候带回来的消息如同地震，骇得威灵顿许久都没有醒悟过来。“宫廷魔法师发动政变；梅林大魔导师杀了皇帝陛下；黑暗崛起的人就潜伏在宫廷魔法师之中；德西克人也为黑暗崛起效力……”一系列的消息仿佛组合拳一般，打的威灵顿眼花缭乱。他完全不能理解那些叛乱的贵族是怎么了。
圣何塞是多么伟大的国家，圣何塞的贵族都多么高贵的群体。为什么，为什么他们会被黑暗崛起所控制，这不讲道理啊。
威灵顿理解不了，但他不傻。自己控制米港驱逐黑暗魔法师的行为很快就会被梅林以及黑暗崛起察觉。因此他立刻要求所有的皇家海军士兵整军备战，如果实在不行就退回到海上去再寻出路。
好在，在黑暗崛起的怒火来到之前，有一名他想不到的人出现在米港。前宫廷魔法师、高阶法师-赛蒂。刚一出现的赛蒂让威灵顿紧张半天，两人为此还打了一架。赛蒂好不容易才让威灵顿相信，自己不是黑暗崛起的人，黑暗崛起也没有成功收买自己。
听了赛蒂关于京都城第一手的消息以及她是如何逃出黑暗崛起魔法师追杀经历的威灵顿，总算相信了她。而且，赛蒂法师还带来了另一个最重要的消息，这个消息，恐怕是许多圣何塞地方贵族以及那些还没有投诚的军队们最想听到的：圣何塞皇室还有人幸免于难，洛丽塔公主，贝宁皇帝的女儿，成功逃出了黑暗崛起的魔掌，现在正在商盟特拉公国避难。
洛丽塔公主号召全圣何塞依旧忠于皇室的贵族和军队，坚持下去，她会派人联络他们，绝对不能向黑暗崛起和梅林屈服。
一个象征、一个信仰、一个可以效忠的对象。初听到这个消息的威灵顿脑海中转了一万个念头，终于明白自己为何这么兴奋。“赛蒂法师，我这就派人前往商盟联络公主。放心吧，这两万皇家海军，绝对会对的起他们名号前的皇家二字，皇家海军，现在是、将来也一定是，圣何塞皇室的支持者。”
于是就在前三年这昏暗的下半年，黑暗崛起的阴影笼罩整片大陆，最早的，在大陆最南端的米港，圣何塞的金色书券旗，重新又飘扬了起来。跟随他们的脚步，在圣何塞的南方，在黑暗崛起鞭长莫及的许多小城、小镇甚至是村落里，效忠圣何塞皇室的人们，重新升起了金色书券旗。
圣何塞皇室，还在。