黑暗崛起的起始，最早是源于一百年前被放逐的魔法师“塔那托斯”。这个伊万家族的传人一直学习着高深的空间魔法，在伊万家族被圣何塞皇室摧毁之后，所有的伊万家族的子孙都被杀死，只有两位曾经的宫廷魔法师“塔那托斯”、“修普诺斯”由于他们魔法师的身份幸免于难。
温和的修普诺斯从此远走北疆，在德西克帝国隐居下来，而塔那托斯，这个性格暴烈的年轻法师，自然是不能忍受这样的事情发生。他将自己关在伊万家族的空间魔法世界里，一直过了好多好多年。
时间过去了很久，谁也不知道多久，曾经还是个青年的塔那托斯走出了魔法空间的时候，已经是一位中年大叔了，而精美华丽的伊万庄园早已成了一片废墟，伊万家族的大量麦田成了周边农庄的产物，看着日空下的宏伟红堡，塔那托斯心情依旧不能平复。
魔法的时代过去了，曾经尊贵的魔法师不过是大陆上的一员普通人，再也没有了特权、没有了高高在上的阶级身份，宫廷魔法师不过是圣何塞皇室豢养的奴仆。如果还和九百多年前一样，魔法师不过是杀了个普通人，谁还会追究。
谁都没有想到，许多年的反思，从小就固执的塔那托斯，居然钻进了一个很小很小的牛角尖，他竟然将伊万家族的毁灭怪罪于魔法师地位的失去，从那天起，塔那托斯对于魔法的追求就全部转移到恢复魔法帝国时代魔法师的荣光。
塔那托斯重新想办法回到了宫廷魔法师的队伍。不管怎么说，在宫廷魔法师中，魔法是唯一的身份认可，无论塔那托斯出身如何、发生过什么事，只要他的魔法还是宫廷魔法师的传承，他自然还是能够恢复他的身份。塔那托斯，从此在宫廷魔法师中进行魔法研究。外人看去他就是个毫无害处的普通中年魔法师，精通于很少人会的空间魔法，能忠实的完成大魔导师交办的任务，从不外出执行任务，甚至连皇家度假胜地“海角地岛”也不愿意去。
但是，谁也不知道，每逢休假或者无事可做的时候，塔那托斯都会回到那片已经毁于大火的伊万庄园。他花了很多代价，用金币赎回了伊万庄园的所有权，并且征召了一些奴仆，将伊万庄园重建了。同时，塔那托斯开始在圣何塞各地留意有元素觉醒征兆的孩子，并且想尽办法将他们带到伊万庄园。
在最开始的时候，也许三五年才能寻到一名有天赋的孩子。日积月累之下，很多年之后，伊万庄园已经有超过十五名有魔法天赋的孩子了。这些孩子在塔那托斯的教导下，悉心学习魔法，很快他们这里就成了距离京都城宫廷魔法师们不过几十里远的另外一处魔法师聚集地。
在塔那托斯晚年，报仇无望的他，开始反省自己这一辈子的举动。几百年过去了，魔法帝国的荣光早已被普通人遗忘，占据这片大陆的当年的反叛军们的后代啊，现在都是高高在上的皇帝、国王、大公爵等等，他们早已享受了数百年的贵族生活，普通平民也已经早已认可了贵族的存在。在这种情况下，靠自己的力量根本无法动摇这片基石。
好在，有了这些年轻的魔法师们，他们是自己意志的继承者，他们将跟随自己已经迈出的脚步，也许一年不行、二年不行、十年不行、一辈子不行，但是总有一天，这些魔法师和他们的传承者们，将成为颠覆贵族统治的先锋。
塔那托斯在弥留之际，决心成立魔法组织“黑暗崛起”。组织只有一个任务，发展和吸收更多的魔法师，壮大魔法师的力量。同时联络那些对当前贵族统治有异议的人。总有一天，他们会恢复魔法帝国的荣光。
时间一年一年过去，黑暗崛起中的很多魔法师，成为了圣何塞的宫廷魔法师，也有很多，云游大陆各方，去寻找他们的传承人，去吸纳那些对帝国不满、对贵族不满的人，成为黑暗崛起的一员。就在没有人知道的情况下，黑暗崛起已经成了一个庞大的地下组织，就在各国贵族的眼皮子地下发展壮大。
三十年前，黑暗崛起的一名年轻魔法师梅林，他成为了前任宫廷魔法师首领大魔导师心爱的传承人，在魔法上的天赋以及天马行空般的想象力和理解能力，让梅林迅速成为宫廷魔法师年轻一代中最受重视的青年法师。那些和他同为黑暗崛起组织成员的宫廷魔法师们，自然也在不遗余力的帮助者梅林，完成圣何塞皇室给的各种考验。终于在前任首领去世后，梅林成为了宫廷魔法师新一任的领袖-大魔导师。
从塔那托斯时代开始，黑暗崛起组织的成员向宫廷魔法师们一代代渗透，终于在梅林时代，这个梦想成真了。更为恐怖的是，不过区区几十名宫廷魔法师，居然有一大半都是黑暗崛起的成员。
这就是黑暗崛起有心算无心的结果，毕竟，有天分的魔法觉醒者，就那么多。
当梅林掌握了宫廷魔法师的大权之后，黑暗崛起组织的计划就开始加快了，梅林本人，又是一个非常聪明、非常有野心的人。在他玩世不恭的外表之下，他的志向已经比他的祖先深远的多，恢复魔法帝国的荣光已经不能满足他的欲望了。他希望自己能成为当年魔法帝国大执政官那样的人物，成为大陆的主宰、魔法的领主以及魔法帝国意志的继任者。
梅林在原来的黑暗崛起基础上，将与自己意志不同的人员组成了黑暗崛起的一个下级组织“黑龙会”，黑龙会的会首亚瑟法师，是另一名魔法实力高深的魔法师。黑龙会的任务，是去联诺大陆其他国家的叛乱者、野心家和魔法师，在大陆的不同国家制造分裂活动和恐怖行径。而梅林自己，则利用宫廷魔法师领袖的身份，在宫廷魔法师的多年珍藏中，寻找能够帮助自己行动的魔法记录。
这些魔法手稿，都是在那场魔法帝国首都大火中抢救下来的，虽然不够完整，但很多确实都是高深魔法的记录，这之中，就有一本超级禁咒名录。魔法帝国的人真的是疯狂异常，即使是知道这几个禁咒都相当恐怖，还是将他们记录在纸上。它们中，就包括后来在大陆出现的“精神冲击”、“血之禁咒”、“黑暗帷幕”以及召唤系的特殊魔法，可以制造恐怖的魔法异兽。
梅林将他们传授给了自己最信任的几位法师，并将他们分封在大陆各处，经营自己的阴谋。
在黑暗崛起的过程中，梅林在大陆北方发现了和自己一脉相承的一系魔法师，他们是当年远走北方的“修普诺斯”的后人。一脉相承的魔法体系让他们迅速得有了亲近感。梅林甚至将北方护~法的职位封给了他们。不过后来，北方护~法的传承人似乎是不热衷于此，联络倒是渐渐断了。
在扩张到了一定实力之后，黑暗崛起开始介入大陆事务。冒险者公会和德西克帝国已经无法光靠自己的力量就剿灭黑暗崛起的行动了，就在这几年，他们先后制造了“曼宁事件”、“西境大桥事件”、“白岩城事件”等等恐怖袭击。他们通过刺杀各国政要、挑起各国政变的方式，将触手逐渐伸向各国王室。
而在此期间，野心颇大的爱德华公爵，即德皇威廉四世的二皇子，开始引起了梅林的注意。在有心引诱下，爱德华心中的野心被无限放大。梅林甚至帮助他们刺杀了他登基路上的阻拦“皇储费迪南亲王”。在黑暗崛起组织的帮助下，爱德华最终发动政变，成功登上了德西克帝国的皇帝宝座。
爱德华的野心一旦释放就无法关上，先后对商盟及圣何塞的入侵，让黑暗崛起的计划进程大大向前。他们突然发现，自己根本就不用做什么，爱德华六世就帮他们完成了。而在爱德华六世的德西克帝国深陷战争泥潭的时刻，等待了二十年的梅林以及等待了一百年的黑暗崛起甚至包括等待了上千年的魔法帝国的支持者们，终于找到了发作的那个时刻。
而在这个时刻，黑暗崛起已经强大到他们可以轻易控制自己想控制的军队。圣何塞的温德尔将军、德西克的曼施坦因将军，居然都已经是他们的控制物了。
有了宫廷魔法师，有了军队，梅林发现，谁也不能阻拦自己登上魔法帝国大执政官的宝座了。
在这个夜晚，圣何塞的天空中，绚烂的魔法开始在夜空燃放，各种颜色、形状各异的魔法光彩占领了整片天空。梅林背着双手站在大图书馆最高的房间里，抬头仰望天空。那些魔法是用他制作的魔法卷轴制作的，梅林心潮澎湃：
魔法帝国的荣光，终于再一次在魔法帝国曾经的首都燃放了。
而就在同一时刻，逃离京都城的赛蒂法师，正在风尘仆仆的赶往帝国西边。那里，有她的传承人洛丽塔公主。圣何塞皇室被梅林法师一网打尽，洛丽塔已经是唯一活着的皇室成员了。而西部边防军的反叛让赛蒂异常担忧洛丽塔的情况。
大雨倾盆而下，曾经伟大无比的圣何塞帝国，陷入了最深沉的黑暗之中。