鄂尔泰在1726(清雍正四年)的奏疏中就对四川、贵州、云南、广西的改土归流提出了具体的原则和计划。
鄂尔泰说:“云、贵大患无如苗、蛮。欲安民必制夷、欲制夷必改土归流”。
指出改土归流必须进行，然后提出了对4省改土归流的计划:将原属四川的东川、乌蒙、镇雄改隶云南，相机改流设三府一镇。
广西的土府、州、县、峒、寨分隶南宁、太平、思 恩、庆远4府，并将牂牁江以北的普安州划归贵州，牂牁江以南的西隆州划归广西，增州设营。
云南以澜沧江为界，江内(澜沧江以东)的镇源、威远、元江、新平、普洱、茶山等地改设流官，江外(澜沧江以西)暂不改流，即“江外宜土不直流，江内宜流不宜土”的改流原则。
贵州苗疆3000余里，1300余寨的改土归流，首先要开通黔桂道路，然后派兵深入“徧加剿抚”而后设立流官政权。
关于改土归流的原则和方法，鄂尔泰在其奏疏中也说得很清楚:“改流之法:计擒为上，兵剿次之;令其自首为上，勒献次之”。
就是“剿抚兼施”，“恩威并用”的政策。
明清王朝的改土归流是在各种机会和借口下进行的。
(1)当地各民族起来反抗，被镇压后借机改流，如贵州的治古、答意二长官司、施秉蛮夷长官司均是因当地苗族人民反抗被镇压后而，改流的。
(2)土司犯罪或叛乱被镇压后改流，如贵州金达蛮夷长官司土官何伦父子犯死罪而被改流，还有云南武定土司凤氏、顺宁土司猛廷瑞叛乱被镇压后均设流官。
(3)土司宗族争袭时被改流，如云南鹤庆土府因土司高氏宗族争夺土官职位“伏诛”后改设流官知府。
广西的左州、利州也都是因族人争袭而改流的。
(4)土司侵掠邻境被镇压后改流，如广西养利州、永康州土司侵掠邻境，“总兵官赵辅等擒诛之，因改流”。
(5)以不系世袭为由改流，如贵州大万山长官司申世隆死后，其继承人因“不系世袭”而被改流。
(6)土司绝嗣后无人承袭而改流，如贵州永从蛮夷长官司李瑛死后绝嗣，无承袭者而被改流;广西上石西州、土田州皆因土司死后绝嗣改流。
(7)土民请求改流，如酉阳、保靖、桑植、容美等土司地区人民“迫切呼号，蛮皆改土”而被改流。
(8)土司自请改流，如贵州金筑安抚司土舍金大章乞改流，遂改金筑安抚司为广顺州。
(9)以新建州县或划州并县为由而改流，如广西的忻城、程县、镇安、西林、西隆州等地流官的设置皆以划州并县为由而实现的。
总之明清王朝是利用一切机会，只要条件许可即实行改土归流。
而明朝的话，要知道明代的改土归流是明朝中叶前后才开始的，在一些具备改土归流条件的地区进行，一般改流的规模较小。
在贵州地区的改土归流是从1413年(永乐十一年)开始，废思 南、思 州二宣慰司，并邻境之地设思 州、思 南、镇远、铜仁、石阡、黎平、乌罗、新化八个流官府。
1415年(永乐十三年)因普安安抚司“土酋慈长谋为不轨”，改设普安州，归流官管辖。
1431年(宣德六年)因永从蛮夷长官司土司死后绝嗣，无承袭者而被改为永从县。
1444年(正统九年)因施秉蛮夷长官司地区苗族反抗被镇压后，改设施秉县。
正统年间流官势力已深入控制了安顺、普定，这些地区实际上已经改流。
1497年(弘治十年)由于金容金达蛮夷长官司土官“何伦父子罪死”，改设流官。
1612年(万历四十年)金筑安抚司土舍金大章请求改流，改金筑安抚司为广顺流官州。
1628年(崇祯元年)在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头(水东地区)地区设开州(今贵州省开阳)流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。
明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。
1495年(弘治八年)马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。
1573年(万历元年)明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。
1600年(万历二十八年)明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。
1623年(天启三年)由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。
明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。
1443年(正统八年)鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶恶，屠杀士庶”，并不断发生争夺土司职位的仇杀，于是明朝便宣布高氏领地内“户下人口收籍当差，止令流官管事”，改鹤庆土府为流官知府。
1477年(成化十三年)由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。
1481年(成化十七年)因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。
1567年(隆庆元年)在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年(万历二十五年)顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。
明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。
据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。
1368年(洪武元年)将忻成土司改为流官知县;1505年(弘治十八年)上思 州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。
嘉靖年间因思 恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。
明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。
明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。
这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。
另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。
同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。
因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:
首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。
1659年(顺治十六年)吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。
1664年(康熙三年)贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。
1665年(康熙四年)云南新兴州(今云南省玉溪)土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)将云南丽江土府改流。
1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。
在广西，清朝于1663年(康熙二年)将镇安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)废思 明土司黄氏，改设流官。
这是清朝改土归流的初期阶段。
其次是进阶阶段，1726年(雍正四年)鄂尔泰任巡抚云南兼云贵总督事后，向清政府提出了全面改土归流的计划，开始了大规模的改土归流活动，改流进入大规模时期。
在这一阶段清政府根据不同地区、不同情况和土司的不同表现，采取了区别对待的不同策略进行改土归流。
(1)边远地区与内地的区别，认为在内地的土司可改流，虽在边远地区但实际和内地一样的也可改流，边远地区则暂时保留土司统治，即先改内地条件成熟的地区，后改边远地区。
(2)在云南改流是以澜沧江东西为分界线，澜沧江以东必须改流，澜沧江以西的土司暂予保留。
(3)奉法与不法的区别，清朝对罪大恶极违抗朝命的土司首先改流，对守法的能抚绥其民的与流官州县循良相同的土司则不改流，只使其向化。
清朝在改土归流的高潮时期按照剿抚相兼兵威并举和3种不同区别的策略，采用以下几种方式改流:
首先自然是武力改流，清政府认为世代拥有土地、人民、武装的土司，要他们“去封号、徼兵械、纳土称臣，解甲归田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂尔泰受命之日，即移兵攻贵州广顺州之长寨，终于古州，首尾用兵凡五六载”。
清朝首先对东川、乌蒙、镇雄3地用兵，最后改置乌蒙、乌撒、镇雄、东川4流官知府。
继后，对云南镇源、威远、恩乐、车里、茶山、孟养等处用兵，将这些地区改设流官。
1726年(雍正四年)二月鄂尔泰出兵攻贵州广顺州长寨，长寨是滇、黔两省苗、彝杂处之地中势力最强大的土司，故鄂尔泰在贵州改流之始首先对长寨用兵，前后用兵3年，设流官统治地区计有1298寨，5978户，男妇35982口，地方600公里。
1727年(雍正五年)闰三月出兵谬冲，谬冲是黔、楚之交界处花苗中最强大者，鄂尔泰攻下谬冲之地后，将其地一部分归黔省黎平府，另一部分归广西怀远县管辖。
从1728年至1730年(雍正六年至八年)对贵州八寨、丹江、九股、清水江、八万古州等地用兵，尔后将这些地区改置流官。
1728年(雍正六年)清朝出兵攻下广西八达寨改归西隆州管辖。
1731年(雍正九年)清军又攻下广西邓横寨，将其地改流。
以土司“贪劣”、“不法”而改流。
这种情况以广西改流为最突出，如广西的泗城土知府岑映宸、思 城州土知州赵康祚、小镇安土巡检岑绳武、下龙司土巡检赵墉等人均以贪暴专横不奉法而被废除，改置流官。
至于土司主动请求改流的话，种情况多发生在湖北、湖南两省土司中，原因是这些地区土司大都接近于内地，受到汉族地主经济的影响较多，而清朝在雍正年间西南地区的大规模改土归流对湖北、湖南的土司震动很大，在形势所迫之下，大部分土司皆主动要求改流。
1728年(雍正六年)永顺“宣慰使彭肇槐纳土，请归江西祖籍”，遂改永顺司为永顺府。
1727年(雍正五年)南渭州土知州彭宗和上溪州土知州张汉儒即纳土，施溶州土知州田永丰亦纳土，错若峒、麦著峒、田家峒、驴迟峒等长官司土官皆纳土，请求改流，清朝将以上各地归入永顺县。
同年，白岩峒长官司土官亦纳土，将其地划归龙山县。
以土司因互相仇杀，互争不息而改流。
湖南桑植土司向国栋，长年与容美、永顺、茅冈各土司仇杀，民不堪命，于1726年将其地改为桑植流官县，属永顺府，广西上林长官司长官等人互相仇杀，被改设流官。
到1731年(雍正九年)改土归流高潮结束，基本上完成了清政府予期改流任务，大部分土司地区皆改为流官统治，先后招抚讨平贵州苗瑶寨2000余，缴纳广西土司敕印和军器2000余件，云南澜沧江以东普遍设立流官知府，湖北、湖南大部分土司“纳土”，故史称“自四年至九年(雍正四年至九年)蛮悉改流，苗亦归化，间有叛逆，旋即平定”。
最后就是改流的末期阶段，怎么说呢，清朝改土归流的末期阶段，是从1732年(雍正十年)经乾隆最后到清朝末年的宣统年间。
这一阶段是在原改流的基础上，对尚未改流的土司继续不断的改流。
在云南对澜沧江以西沿边土司不断改流。
猛缅长官司于1746年(乾隆十一年)改设流官通判。
猛猛土巡检于公元1764年(乾隆二十九年)改设流官归顺宁府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)后改流的土司最多。
四川酉阳地区土司从1734年至1736年全部改流;石柱土司区于1760年(乾隆二十五年)改流。
川西的改流一直延续到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川开始改流，直到1911年(宣统三年)才最后完成大、小金川的改流。
1909年(宣统元年)川督赵尔丰将德格、春科、高日、灵葱等地土司改流。
1910年(宣统二年)将巴塘、甘孜等地的土司印信收缴，改设流官，四川改流到此全部结束。
在湖北，1735年(雍正十三年)唐崖长官司覃梓桂、龙潭安抚司田贵龙“纳土”，将二地并入咸丰流官县。
同年被改流的还有西萍长官司、施南宣抚司、忠路安抚司、沙溪安抚司、建南长官司等土司地区;此外东乡安抚司、忠建宣抚司、忠孝安抚司、忠峒安抚司、高罗安抚司、木册长官司、散毛宣抚司、大旺安抚司、卯峒长官司、漫水宣抚司、容美宣慰司等都先后在1733年至1735年改置流官。
在湖南，1735年(雍正十三年)上峒长官司、下峒长官司、茅冈长官司皆“纳土”改流;继后石门天平所、慈利麻寮所相继请求改设流官。
湖北、湖南改流全部完成，“合境无土司名目”。
经过清朝3个阶段的改土归流，到1911年(宣统三年)民政部所奏各地改土归流的情况可作为清朝改土归流的总结，其奏云：
湖北的施南，湖南的永顺，四川的宁远，广西的泗城，云南的东川，贵州的古州、威宁等府州厅县先后建置流官，渐成内地。
乾隆以后征服大、小金川改流官。
近几年(宣统前后)云南富州、镇康，四川巴塘等处先乒奏请改土归流，而广西一省改流尤多，所有土州县土司皆停袭，及撤任调省。
四川尚有瞻对、察木多等处没有改流。
除湖北、湖南已全部改流官外，广西土州县、贵州长官司等，名虽土官，实已渐同郡县。
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